Giữa tháng 12, Người bắt đầu chuyển về ở và làm việc tại khu vực vốn là Phủ toàn quyền Ðông Dương (sau là Phủ Chủ tịch) trong giai đoạn có ý nghĩa vô cùng quyết định đối với sự nghiệp cách mạng dân tộc dân chủ và đấu tranh thống nhất nước nhà.
Sau bốn năm ở tạm trong ngôi nhà nhỏ của người thợ điện phục vụ cho Phủ toàn quyền, tháng 5-1958, Chủ tịch Hồ Chí Minh chuyển sang ở trong ngôi nhà sàn bằng gỗ. Tuy đơn sơ, giản dị, nhưng nhà sàn đã trở thành biểu tượng của phong cách và đạo đức Hồ Chí Minh. Nhà sàn được dựng ở một góc vườn Phủ Chủ tịch, bên cạnh hồ nước nhỏ giữa những vườn cây xanh tươi. Quanh nhà sàn trồng nhiều loại hoa: nhài, ngâu, dạ lan, hồng, mẫu đơn, phượng vĩ..., cây ăn quả: cam, bưởi, chuối, dừa, vú sữa... đan xen với cây bóng mát xà cừ, trường xanh, bụt mọc, sến cát... Hàng bông bụt phía trước ngôi nhà gợi nhớ cảnh làng quê Việt Nam - nơi Người đã sống những ngày thơ ấu. Nhà sàn mộc mạc, bình dị, vẻn vẹn có vài ba phòng, trong lúc tâm hồn của Bác lộng gió thời đại thì cái nhà nho nhỏ đó luôn luôn lộng gió và ánh sáng, phảng phất hương thơm của hoa vườn. Thanh bạch và tao nhã biết bao! Tầng dưới nhà sàn dùng để làm việc, tiếp khách và họp. Tầng trên có hai phòng nhỏ diện tích mỗi phòng khoảng hơn 10 m2 với những vật dụng sinh hoạt đơn giản: bàn ghế, giá sách, giường đơn, quạt lá cọ, máy chữ... đặc biệt là hàng trăm cuốn sách về các lĩnh vực chính trị, kinh tế, xã hội, lịch sử, văn học nghệ thuật được viết bằng nhiều thứ tiếng: Việt, Anh, Pháp, Hán, Nga, La-tinh... trong đó rất nhiều cuốn sách có bút tích của các tác giả kính tặng Người.
Toàn bộ những hiện vật, tài liệu, sách báo, nhà di tích, cảnh quan không chỉ phản ánh tư tưởng lỗi lạc, tri thức uyên bác, thiên tài lãnh đạo của Người đối với sự nghiệp cách mạng của nhân dân ta, mà còn cho chúng ta tận thấy những phẩm chất cao quý của đạo đức Hồ Chí Minh: "Một tấm gương hết lòng phục vụ lợi ích của nhân dân, đấu tranh không mệt mỏi cho danh dự, tự do và độc lập của Tổ quốc", đồng thời phác họa nên chân dung: "Một trong những anh hùng của thời đại, của thế hệ chúng ta. Người là vị anh hùng dân tộc, đồng thời cũng là anh hùng của cuộc đấu tranh cho tự do và tiến bộ của toàn thể loài người".
Và cũng tại ngôi nhà sàn này, vào khoảng thời gian từ năm 1965 đến năm 1969, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã viết Tài liệu tuyệt đối bí mật (Di chúc), để lại cho đời sau những lời căn dặn tâm huyết. Những tâm nguyện của cả cuộc đời, Người đều gửi gắm trong bản Di chúc lịch sử đó. Di chúc là một văn kiện lịch sử vô giá, toát lên khí phách, tinh thần lạc quan chiến thắng của một bậc đại trí, đại nhân, đại dũng, là kết tinh của tinh hoa tư tưởng, đạo đức và tâm hồn cao đẹp của một vĩ nhân, suốt đời phấn đấu hy sinh vì Tổ quốc và nhân loại. Di chúc là những lời căn dặn thiết tha, là ánh sáng chỉ đường, là sức mạnh thôi thúc hành động, chẳng những đối với dân tộc ta mà còn đối với tất cả các dân tộc đang đấu tranh cho tự do, độc lập, cho hòa bình, công lý, cho cơm áo và hạnh phúc của con người.
Sau khi Chủ tịch Hồ Chí Minh qua đời, ngày 2-9-1969, một quần thể di tích lịch sử - văn hóa - danh nhân đã được hình thành trong khu vực Phủ Chủ tịch. Quần thể di tích về Chủ tịch Hồ Chí Minh trong khu Phủ Chủ tịch có ý nghĩa đặc biệt quan trọng. Tất cả cảnh quan, hiện vật, tư liệu liên quan đến cuộc đời và hoạt động của Người trong 15 năm từ tháng 12-1954 đến 9 giờ 47 phút ngày 2-9-1969 cần phải được bảo quản, lưu giữ nguyên trạng. Bởi vậy, toàn bộ không gian khu vực đã được định vị chính xác trên bản đồ, từng ngôi nhà, gốc cây, mảnh vườn đến đường đi, lối mòn, thảm cỏ... được quy hoạch cụ thể, chi tiết. Mỗi điểm di tích trong quần thể di tích đều đánh dấu sự kiện đáng nhớ và mang ý nghĩa nhất định tại từng thời khắc quan trọng, trong những năm cuối cùng của Người: Tòa nhà Toàn quyền cũ, Bác không ở mà được sử dụng như nhà khách Chủ tịch nước; nhà 1954 Bác ở tạm bốn năm (1954-1958), giai đoạn mà chúng ta tiến hành khôi phục kinh tế sau chiến tranh và cải tạo XHCN; ngôi nhà sàn Bác ở 11 năm (1958-1969), giai đoạn ta bước đầu phát triển kinh tế, văn hóa, bắt đầu thực hiện kế hoạch 5 năm lần thứ nhất, chống chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ; nơi Bác điều trị bệnh và qua đời (17-8-1969 - 2-9-1969)... Những đồng chí từng được vinh dự phục vụ Bác Hồ lúc sinh thời đã tiếp tục đảm đương nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và là nhân chứng thẩm định tính chính xác của từng sự kiện, hiện vật, nguồn gốc xuất xứ, thống kê, ghi chép, đo vẽ, lên danh mục toàn bộ tài liệu hiện vật mà Chủ tịch Hồ Chí Minh để lại. Trải qua bao biến động lịch sử và thời gian chiến tranh ác liệt, những di tích này vẫn được bảo vệ an toàn chu đáo, hạn chế đến mức thấp nhất mọi tác động ảnh hưởng từ thiên nhiên, môi trường và con người. Khu di tích vẫn liên tục đón khách tham quan trong nước, khách quốc tế để tuyên truyền, giáo dục về tư tưởng và cuộc sống đời thường của vị lãnh tụ vĩ đại.
Vì những giá trị mang tính lịch sử và sự toàn vẹn của Di tích Phủ Chủ tịch nên Ðảng, Nhà nước đã đánh giá Khu di tích Phủ Chủ tịch là một di tích đặc biệt quan trọng. Và ngày 12-8-2009, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định 1272/QÐ-TTg xếp hạng Khu di tích Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch là Di tích quốc gia đặc biệt.
Khu di tích Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch là một loại hình bảo tàng - lưu niệm về đời sống sinh hoạt của vị lãnh tụ cách mạng kiệt xuất của dân tộc, một danh nhân văn hóa. Bảo tàng này vừa ở ngoài trời, vừa ở trong nhà vì nó hình thành ngay tại nơi Bác Hồ đã sống và làm việc, bao gồm một tập hợp các: Di tích bất động sản (nhà, phòng, hầm...); Di tích động sản (đồ đạc, bàn, ghế, sách vở, tài liệu...); Cảnh quan môi trường (cây cối, đường đi, sân vườn, ao cá, giàn hoa). Từng điểm di tích cùng những tài liệu hiện vật không những đòi hỏi yêu cầu chuyên môn kỹ thuật bảo dưỡng, bảo quản, tu bổ đúng nguyên tắc bảo tàng học, mà còn phải sử dụng hiện trạng gốc vốn có để tuyên truyền về cuộc đời, sự nghiệp, tư tưởng và tấm gương đạo đức của Chủ tịch Hồ Chí Minh cho tất cả các đối tượng khách tham quan di tích.
Với lịch sử, địa lý tồn tại khá lâu năm nên Khu di tích không tránh khỏi những tác động khách quan, gây nhiều khó khăn cho công tác bảo tồn như: thời tiết khắc nghiệt, độ ẩm không khí, mối mọt làm hỏng hiện vật và nền nhà; sâu bọ làm hại cây quả, đất bạc màu; mưa bão, gió lốc làm đổ cây, nhà di tích xuống cấp, ao cá bị đọng bùn...
Suốt 40 năm qua, cán bộ, nhân viên Khu di tích Phủ Chủ tịch đã sáng tạo, linh hoạt kết hợp bảo quản thông thường với bảo quản khoa học, từng bước áp dụng kỹ thuật tiên tiến vào bảo quản di tích và tài liệu, hiện vật.
Hằng năm, cơ quan thực hiện các chế độ bảo quản định kỳ kết hợp với các dự án tu bổ, chống xuống cấp di tích, phối hợp với những cơ quan chuyên ngành khoa học kỹ thuật để lắp đặt thiết bị bảo quản, áp dụng công nghệ khí khô, xử lý thoát nước, lắp đặt hệ thống báo cháy - chữa cháy tự động, sử dụng máy kiểm tra an ninh, cải tạo và nâng cấp vườn quả, hút bùn ao cá bằng công nghệ tiên tiến...
Bằng những nỗ lực không mệt mỏi, với giải pháp kỹ thuật ngày một hoàn thiện, Khu di tích đã giữ gìn một cách tốt nhất những di tích và tài liệu, hiện vật sinh thời Chủ tịch Hồ Chí Minh. Khu di tích còn bảo tồn và phát huy những giá trị tinh thần vô giá, không ngừng tham gia những hoạt động nghiên cứu về tư tưởng, sự nghiệp và đạo đức của Chủ tịch Hồ Chí Minh để tuyên truyền rộng rãi trong nước và trên thế giới, thông qua những hình thức thuyết minh, hướng dẫn hàng triệu lượt khách tham quan di tích; đóng góp hàng trăm tham luận tại các hội thảo khoa học; tổ chức nhiều buổi nói chuyện, tọa đàm, giao lưu; thường xuyên viết bài đăng tải trên các phương tiện thông tin đại chúng; xây dựng trang tin điện tử của cơ quan và đều đặn xuất bản hàng chục đầu sách và những ấn phẩm nhu ảnh, bưu ảnh bằng cả tiếng Việt và các ngôn ngữ quốc tế thông dụng khác để giới thiệu với nhân dân ta và bạn bè thế giới hiểu thêm về một danh nhân văn hóa Hồ Chí Minh. Nhiều buổi sinh hoạt truyền thống; giao lưu giữa các thế hệ cách mạng; lễ báo công; kết nạp đảng viên; khen thưởng đội viên; đoàn viên; vui chơi cắm trại; triển lãm thành tích học tập và lao động của học sinh, sinh viên được tổ chức tại các điểm di tích mang ý nghĩa giáo dục tư tưởng sâu sắc như quanh Phủ Chủ tịch, bên giàn hoa, dọc đường xoài, dưới nhà sàn, trong nhà Bác mất...
Các cuộc thi kể chuyện tấm gương đạo đức Bác Hồ, thi hướng dẫn viên du lịch giỏi tại Khu di tích, bình chọn kỳ quan thế giới Vịnh Hạ Long đã được tổ chức và đạt kết quả tốt. Từ năm 1969 đến nay, Khu di tích Phủ Chủ tịch đã trở thành nơi hội tụ tình cảm và tấm lòng đối với Bác Hồ của nhân dân cả nước, kiều bào ta ở nước ngoài và khách quốc tế đến Việt Nam, với gần 50 triệu lượt người trong nước và từ khắp các châu lục tới tham quan, chiêm ngưỡng, tìm hiểu (đáng chú ý là lượng khách quốc tế ngày càng đông, nhất là từ những năm thực hiện chính sách đổi mới, mở cửa). Hầu hết những nguyên thủ quốc gia, các chính khách nhiều nước, kể cả những người có quan điểm chính trị đối lập khi đến Việt Nam đều vào thăm nơi ở và làm việc của Người với ý thức trân trọng, tình cảm ngưỡng mộ, cảm phục về nhân cách Hồ Chí Minh, qua đó họ càng khâm phục Bác Hồ hơn, hiểu Việt Nam hơn.
Ghi nhận những kết quả hoạt động và thành tích mà Khu di tích đã đạt được, cùng nhiều cờ thưởng của Chính phủ, bằng khen, cờ thi đua của Bộ Văn hóa - Thông tin và Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Ðảng và Nhà nước ta đã trao tặng cho tập thể cơ quan và cá nhân xuất sắc những danh hiệu cao quý, và năm nay, nhân kỷ niệm 40 năm Khu di tích, ngày 27-8-2009, Chủ tịch nước đã quyết định tặng thưởng Huân chương Hồ Chí Minh cho Khu di tích Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch vì đã có công lao to lớn, có nhiều thành tích xuất sắc đóng góp vào sự nghiệp cách mạng của Ðảng và của dân tộc. Thật đúng như Tổng Bí thư Nông Ðức Mạnh đã lưu bút trong Sổ lưu niệm Khu di tích: "Nơi ở và làm việc của Chủ tịch Hồ Chí Minh cùng những tài liệu, hiện vật lưu giữ nơi đây là một di tích văn hóa đặc biệt quan trọng trong kho tàng di sản văn hóa nước nhà, đây là tài sản văn hóa vô giá của dân tộc ta và có ý nghĩa rất to lớn đối với quốc tế. Những gì Bác Hồ để lại phản ánh sự nghiệp cách mạng vĩ đại của một con người trọn cuộc đời mình vì nước vì dân, vì sự đoàn kết quốc tế, biểu thị nhân cách một nhà văn hóa lớn Việt Nam - nhà văn hóa kiệt xuất của nhân loại".
Khu di tích Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch, với đầy đủ ý nghĩa quan trọng và lớn lao ấy, không những đã trở thành một địa danh trên bản đồ hành hương mà còn để lại ấn tượng sâu đậm trong triệu triệu trái tim con người. Nhà sàn Bác Hồ vẫn là nơi hội tụ những giá trị nhân văn cao cả, tư tưởng, phản ánh tấm gương, đạo đức của Chủ tịch Hồ Chí Minh. Với tình cảm kính yêu Bác Hồ, tinh thần đoàn kết, trách nhiệm cao, cán bộ, nhân viên Khu di tích Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch quyết tâm làm tròn nhiệm vụ, bảo tồn dài lâu, phát huy giá trị một di tích đặc biệt về cuộc đời và sự nghiệp của Chủ tịch Hồ Chí Minh để: "Tinh hoa cách mạng, tình yêu nhân dân vô bờ bến, lòng khiêm tốn cũng như sự cần cù cống hiến đưa lại hạnh phúc cho Tổ quốc Việt Nam của Người là tấm gương sáng cho toàn thể nhân loại noi theo".